Enquanto no ano de 1965 um grupo de professores dava aulas para crianças no Curso de Admissão ao Ginasial no bairro de São Miguel Paulista em São Paulo, 4 salas de aula eram construídas para o projeto de abertura de um colégio, o Colégio Cruzeiro do Sul. O nome escolhido foi uma homenagem à constelação em forma de cruz, o Cruzeiro do Sul, descrito pela primeira vez em 1.515 pelo navegador italiano Andrea Corsali, ao registrar sua observação do céu austral durante uma expedição
Em 25 de novembro de 1.965, o Conselho Estadual de Educação homologa a abertura do Colégio Cruzeiro do Sul. Entretanto, a autorização de funcionamento só viria após a aprovação do regimento interno do estabelecimento de ensino que veio em seguida. Com o início do ano de 1.966, passamos a aguardar pela publicação da autorização em Diário Oficial. Com receio de se perder o início do ano letivo, numa terça-feira, dia primeiro de março, aconteceu o primeiro dia de aula mesmo sem a publicação oficial, que só aconteceu em 26 de abril de 1.966. Assim se deu nosso início, com a oferta do Curso Ginasial para as crianças do bairro, do Colégio Cruzeiro do Sul.
Em 1969, para atender à procura que começava a surgir por cursos de Colegial Técnico profissionalizante, passamos a oferecer também, o Colegial, com a abertura do Curso Técnico de Contabilidade, que funcionava no mesmo local do Ginásio Comercial. Posteriormente, na transição dos anos 1960 para os 1970, aumentamos a oferta dos cursos Técnicos, com Secretariado, Eletrônica e Processamento de Dados, sendo esse último uma grande novidade para o ano de 1975. Identificando mais necessidades dos moradores de São Miguel Paulista e região, ofertou-se outros cursos, tais como Supletivo e Datilografia. Com o sucesso do Ginásio e do Colégio e baseados em pesquisas e conversas com os moradores da região, identificamos mais uma oportunidade de crescimento, dessa vez com a instalação do ensino Primário. Em 1976, nascia o Cruzeirinho, que contava com os cursos Maternal, Jardim, Pré-escolar e Primário, hoje Ensino Fundamental.
O Colégio funcionava na Rua José Aldo Piassi, 362 (antiga Rua Drº Félix), prédio construído pelos fundadores em 1.965 e ampliado algumas vezes no decorrer dos anos. Em 1.977 inauguramos a unidade II na Av. Ussiel Cirilo, 225 para acomodar todo o crescimento da instituição à época. Ainda tivemos na década de 80 a Chácara Cruzeirinho, terceira unidade que funcionava em uma área arborizada de 8 mil metros quadrados com funcionamento apenas da pré-escola. Nas décadas de 80 e 90 nos tornamos um dos maiores colégios da zona leste de São Paulo, superando 4 mil alunos matriculados.
Hoje, prontos a comemorar 60 anos de funcionamento no bairro de São Miguel Paulista, nos tornamos o principal e mais tradicional colégio do bairro, referência no ensino de qualidade que formou e preparou milhares de jovens da região e entorno. O Colégio Cruzeiro Sul, sem dúvida alguma, fez história na Zona Leste de São Paulo.
Desenvolver a formação crítica e criativa do ser humano, construindo valores e atitudes que orientem as relações interpessoais em todos os níveis da vida, valorizando, assim, o saber para a realização de ações fundamentadas em uma perspectiva sociocultural.
As finalidades educacionais do Colégio Cruzeiro do Sul remetem ao conjunto de valores e atitudes sustentado nos alicerces do desenvolvimento pleno do ser humano, habilitando-o a construir uma sociedade mais justa, crítica e humana, privilegiando a construção da autonomia e da identidade das competências necessárias à convivência humana.